十八年前一个风雨交加的晚上,一个年轻的军官浑身是伤地抱着一个熟睡的孩子和一箱黄金来到了龚家,把孩子和黄金托付给了龚家,十八年后这个当年的军官为了抗战购买物资,又来到了龚家,导致龚家女儿(当年年轻军官托付的孩子)遭难,贤良的龚夫人早已将这个孩子视为己出,在多次遭遇家庭变故后,善良的龚夫人被触碰到了底线,为了孩子为了抗战,拿起了手中的武器。。在不远的未来,海平面原因不明地急速上升,导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生,厌倦了都市的生活,移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”,与迷之讨债人凯瑟琳一起,潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。 在那里,他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。她是一位构造精密到与人类别无二致,而又丰富感情的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说到: “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前,我会成为夏生先生的腿!” 在一个逐渐沉入海中的平和小镇,少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。。