主人公岛村乔,某日被神秘的男人们抓住改造成了人造人。在世界的暗影中活跃着的死亡商人“黑幽灵团(Black Ghost)”为了制作划时代的新商品•人造人士兵的试验品,偶然地选择了乔。但是,乔被先前改造的8名人造人和改造他们的吉尔莫亚博士告知了当下的情况后,与他们共同从黑幽灵团逃走了。 他们在得知黑幽灵团的野心后便不断阻止敌方的行动,然而拥有着同样力量的人造人战士却只有他们。胸中怀着人类的心和机器所没有的悲伤心情,人造人战士们为了粉碎黑幽灵团的野心而不断地持续着战斗。。很久以前,在维多利亚岛上有一棵维护世界和平和秩序的世界树,但是邪恶组织“扎塔团”打算据为己有,此时以人族为中心(阿鲁的父亲格兰迪),以及其它4部族都站起来反抗。
但是,扎塔团的猛烈进攻使得岛民们迎来了最大的危机。世界树为了保护身体而自己破裂,此刻放出了像凤仙花一样的种子。各族的部分居民从维多利亚岛移居到了枫之岛。但是,其他部族都怀疑世界树的破坏与人类有关,于是人族被赶走了。而且各部族之间的斗争也不断。
那是10年前的事了。而现在,以阿鲁为中心,大家开始了寻找世界树之种,并让世界树复活的旅行。而扎塔团也再次盯上了他们。。