前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价,终于打败了恐龙帝国,但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。。吾妻玲二(入野自由 配音)本是一介普通的少年,一次偶然中,他被卷入了一起黑社会暗杀事件之中,作为目击证人,玲二被列入了“消抹名单”之中。组织内部的洗脑专家家塞斯(千叶一伸 配音)发现了玲二体内所隐藏的强大力量,如获至宝的他消除了玲二的记忆,取名Zwei,并致力将他培养成为新一代出色的杀人机器。
负责训练玲二的少女名叫Ein(高桓彩阳 配音),她同玲二一样没有过去的记忆。尽管Ein表面上冷静从容,但在内心里,她一直在逃避着同时作为“人”和“机器”这之间无法调节的矛盾。在和玲二相处的日子里,Ein的人性被重新唤醒,她意识到了自己危险的处境,不愿意再被人利用的Ein和玲二约定,两人决心逃出组织的掌控,重新回归自由的生活。。一枚古老的黄金蛇镯暗藏神秘力量,竟将英国少女艾薇带到了数千年前的古埃及时代。在暗流涌动的宫廷晚宴上,艾薇化名奈菲尔塔利意外邂逅了埃及王子比非图。比非图初遇艾薇一眼万年展开猛烈追求,艾薇内心深处虽对比非图产生别样感情,但探明黄金蛇镯的作用后还是毅然选择离开。艾薇返回现代后发现历史已被改变,为纠正自己犯下的错误不惜再次进行穿越,这时的比非图已继位登基成为法老拉美西斯二世,时光流逝并未淡化他对艾薇的心意,在共同经历了宫廷政变、战争洗礼等重重考验后有情人终成眷属,正当两人沐浴在爱情的甜蜜中享受幸福之际,一场更大的危机悄然接近……。