2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。温氏横行,生灵涂炭。江湖仙门义士发动“射日之征”,合力讨伐温氏。“夷陵老祖”魏无羡虽在推翻温氏中立下了汗马功劳,却因修非常道且太过强大而遭人忌惮坑害,致万人唾骂,被情同手足的师弟带人端了老巢,身陨形灭……
十三年后,魏无羡被人献舍,并再度与姑苏蓝氏蓝忘机、云梦江氏江澄等旧人相遇,前尘谜团未消,江湖疑云再起。
而这一切恩怨情仇,都要从他们少年时说起……。1899年地球遭到了火星人的入侵。火星人高二十多米,拥有先进的武器装备,即将得逞时却没有抵抗住细小的感冒病毒而最终失败。15年后火星人再度入侵地球,并且使用了更为先进的武器。面对强大的敌人,以艾瑞克为队长的ARES战斗小组的成员们爆发出了最大的勇气和力量。武器更胜一筹的火星人最终包围了曼哈顿。在生死关头,喀什尼尔福将军驾驶着被敌人打中的齐柏林飞艇冲向了最后一艘也是威力最大的飞艇。整个城市获救了...。