第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。雷普莉是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者,她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后,才发现自己已经冬眠了57年!期间,人类已经移居到了异形所在的星球。雷普莉知道后,马上向当局报告该星球上异形的情况,但却被当局认为要么精神不正常,要么谎话连篇。雷普莉见当局对她的说话不予理睬,便决心不再涉足和异形有关的任何事。果不其然,在异形所在的星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到雷普莉之前汇报的情况,决定派出军队去营救。雷普莉被说服参与营救行动。又一场腥风血雨的战斗展开了!。