2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。罗宾(玛丽·露易斯·帕克 Mary-Louise Parker 饰)患上了无法治愈的疾病,命不久矣。为了逃避现实,她决定踏上前往洛杉矶的旅途。简(乌比·戈德堡 Whoopi Goldberg 饰)一直以来都渴望成为一名歌手,无奈始终得不到机会,在机缘巧合之下,简成为了罗宾的司机,和她一同踏上旅程。 霍利(德鲁·巴里摩尔 Drew Barrymore 饰)是简的好友,在和男友发生了争执之后,霍利失手打伤了他,并且意外的导致了男友的死亡。身上背着一条人命的霍利选择和罗宾一行人一起远走高飞,在颠簸的旅途中,三个女人之间渐渐产生了坚实的友谊。罗宾的病越来越重,幸运的是,当她行走至人生的尽头时并不是孤身一人。。