高丽时代的朝鲜,一个长年干旱的村子里,村民严守着老人年过七十就该被丢弃在山上的高丽葬传统。 一天一位寡妇带着自己的孩子嫁进村里,对方是结过五次婚、有着十个孩子的农民。农民的前妻之一、村里的萨满,多年前被十兄弟赶出家门,一直怀恨在心,于是她预言,寡妇的儿子将把十兄弟全部杀光。十兄弟听闻十分害怕,开始排挤寡妇的儿子,并将他弄成了跛子。为了自己儿子的性命,寡妇向农民要了一小块地,带着孩子离开了农民家。 往后的三十多年里,十兄弟一直想尽办法要致寡妇儿子于死地。饥荒再次来临,而寡妇也到了该被送上山等死的年纪......。“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。