一群疯狂的科学家,为了自己的梦想,研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器,并把发掘到的世界最强宠物小精灵——梦幻的睫毛,复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦。但当超梦醒来后,却因无法找寻到真正的自我而暴走,将岛屿上的研究所夷为平地。
这时候,火箭队的老大出现在超梦的面前,用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事,但没过多少时间,超梦再次对自我感到迷茫,也彻底对利用他的人类感到失望,爆炸在火箭队老大基地又一次出现,超梦也离去了,回到那个复制它的岛屿,决定开始它的复仇之战。
另一方,正在草原野餐的小智一行,也迎来了他们新的故事……。清朝末年,城中百姓多数染上怪病。关心国家命运的禾苗希望张孝智助自己到水下地宫取得宝藏。但另有几方势力为了获得地宫宝藏展开了一场大乱斗。最终,众人发现所谓的宝藏根本子虚乌有。而导致盛京变成人间地狱的根源也非妖魔鬼怪,而是日本人人体试验的阴谋。 张孝智与禾苗、兄弟钱眼儿、弃暗投明的黑风双煞最终不计自身安危地准备解救盛京的危局……。明治の御代、西洋化の波が日本を飲み込み、侍は消え果てた……。 時代の潮流に取り残された者たちの新たな戦いが今始まる。 1874年。車夫の元会津藩士・折笠静馬は、行方不明の許嫁・鹿又澄江を捜していた。だがある事件を切っ掛けに新設されたポリス(警察)の一員となり、政府転覆の陰謀を追うことに。 同じ頃、ヤクザの守屋組に凄腕の剣士・修羅神狂四郎が客人となった。政府転覆の黒幕と繋がる守屋組で、彼は己の目的のため地位を固めていく。 かくて静馬と狂四郎との運命のドラマが動き始める。その中で静馬には、皮肉な出会いと別れが待っていた。。