在美国的国际宇宙开发研究所,对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。 但是,知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后,拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁,存活下来的一也决心与多古马抗争到底,但现在以他自己的力量还不能变身。 一也为了学习变身的奥秘而回到日本,拜赤心寺门下,学习赤心少林拳。半年后,经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧,并展开了与多古马的怪人战斗。。外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。 古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そ...。