公元2029年,未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化,于是,专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子,作为一位全身“义体化”的女警,带领公安9课不断展开行动。
是次,公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事,又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际,傀儡师竟然不请自来,出现在公安9课!素子与她的战友们,不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。。普通女工韩素云所在的工厂倒闭后,她的爱人、副厂长李梦林发现厂里账目不明,遂将厂长罗田告到了审纪部门。正当审纪部门介入时,罗田因与李梦林发生争吵而突发脑溢血,本就与罗田关系紧张的妻子刘贞乘机将昏迷的丈夫及公婆、女儿甜甜全部推给了李家,而一连串打击又使得罗父病倒。此时,罗母决计要为儿子讨回公道,一纸诉状将李梦林告上法庭,李梦林被判刑两年……。