十年之后,新太子妃因病去逝,留下一子朱由校,太子消沉,王恭妃常年生病,三皇子回京被册封,姚芊芊被囚禁……郑贵妃誓要夺取太子之位。王恭妃心急如焚,情急之下,梅儿说出兰心并没有死,并回忆:原来兰心并没有疯,因为她无法面对太子,请求梅儿放她走,于是梅儿送走了兰心,并说出兰心一直住在莲花庵。王恭妃不顾病体,拼死恳求兰心归来,兰心最终答应了王恭妃。后王恭妃逝世。郑贵妃安排万历并不知情。兰心趁机偷偷面见,告知王恭妃的死讯,最终兰心去了吉壤,半夜三更,道士刺杀太子,梅儿追踪,结果摔下山,兰心赶到,救了太子,太子晕迷,并在山下发现了梅儿……太子醒后与兰心相认了,后来兰心无意中说漏嘴,无奈告诉了太子事实的真相,太子伤心欲绝。万历把郑贵妃叫到跟前,斥责对王恭妃的死讯隐瞒不报,并且万历知道郑贵妃派人行刺一事, 郑贵妃被禁足。最终按皇贵妃的礼制厚葬了王恭妃。古槐村狗子娶妻生子,儿子出生那天,狗子却离奇受伤,最终伤重而死,下葬之际,狗子却突然活过来。自狗子死而复生,村中便开始怪事不断:无论人畜,都莫名其妙被掏空内脏,死状惨不忍睹;狗子爹娘和儿子相继死去,村里冤鬼夜夜哀嚎;狗子媳妇发疯,如行尸走肉般在村里游荡。整个古槐村笼罩着一股阴森恐怖的气息。不久六叔也离奇受伤,几日内便七窍流血而死。唯一通阴阳之人死去,古槐村岌岌可危。山中老道收到六叔临终前发出的求救信息,明知古槐村乃险恶之地,仍毅然出山。13岁的安倍昌浩(甲斐田雪 配音),是日本最伟大的阴阳师安倍晴明的孙子,作为晴明唯一继承者的他却没有什么法力——他不能看见妖怪。当他想放弃阴阳师之路,努力培养别的才能时,一直形似白猫的神秘小妖怪出现在他身边。与此同时,京都妖孽横行,于是爷爷委托昌浩去击退妖魔。没有法力的昌浩只好带着这只小猫怪,作为自己“看见妖怪”的眼睛。几番恶斗后,昌浩击退了肆虐于京都里的妖魔,并恢复了多年前被封印的法力。同时,他也得知,原来那只小猫怪,是爷爷安培晴明的式神——腾蛇红莲。
虽然恢复了法力,昌浩作为阴阳师还十分稚嫩。于是他立下宏愿,发誓要超越爷爷,成为最强的阴阳师。他和同伴腾蛇红莲一起,走上了修行之路……。