1942年,太平洋战争爆发初期,泰国曼谷发生一件令人恐惧的杀人事件.死者的额头丶手腕以及脚腕均被纹上了一些奇怪的纹身.这是这件奇怪的连环杀人事件的开端. 调查科中校Waytarng Phiromruj(Pong Nawat饰演)收到报案,指在Rakung Dusitraram发现了一个小女孩离奇地死在家里.尸体检验显示她的死因是被了下毒以及被人打破了头骨。 在这件案件的初步调查中,整件案件都充满疑点.女死者的继母所提供的口供处处都在绕圈子。在尸体上还发现了五个奇怪的纹身,分别纹上了一下这五个字"Yao, Jao, Pae, Ting, Pong"。 不久,第二件相同的案件也发生了,但这次第二名受害者没有因此而死亡。 当他们均感到十分奇怪之际,第三件相同的案件也发生了,但这次的纹身十分模糊,根本难以阅读.由此他们推测,在寺庙所发生的案件并非是凶手第一次...。故事发生在第一部的四年之后,此时特警K已经退休,成为一名普通的邮局局长,而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”,占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球,全面负责这件事情的K为了地球的安全,拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜,MIB派J去寻找k,调查当年事件的真相,怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在,成了J面临的第一个难题……。