主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。 そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星(ロゴ・ダウ)へ向かう。 コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。 コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。。三年前,外星机器人入侵地球,经过七天的战斗地球被完全占领。从此之后,机器人对人类严加看管,它们向人类头上安装了定位系统,一旦检测到人类走出家门便将其毁灭。除此之外,外星人雇佣罗宾(本·金斯利 Ben Kingsley 饰)等人类叛徒担任辅助管理工作。罗宾迷恋美丽的妇人凯特(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰),但凯特只痴心等待失踪的丈夫归来。罗宾口口声声称凯特的丈夫早已遇害,不过她的儿子西恩(Callan McAuliffe 饰)并不相信,男孩始终未放弃寻找父亲的努力。某天,西恩意外和康纳(Milo Parker 饰)等伙伴发现令定位系统失效的办法。
孩子们尝试着走出家门,这一变故也让推翻机器人的统治成为可能……。