故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角,是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本(マツモト)」突然出现,并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争,使Vivy踏上破坏AI的旅途。。中情局特工维勒与美女搭档梅尔在保护一份机密文件的任务中被神秘组织追杀,梅尔牺牲,维勒被逮捕。醒来时维勒发现自己被囚禁在一艘核潜艇内,这里是CIA设在深海的一座与世隔绝的黑狱,他自己也变成了出卖国家机密的叛徒身份。除了拷打维勒的探员帕特里克,潜艇上还有维勒的恩师爱德华、女见习生凯茜和被关押的德国特工马可,他们当中谁是盟友,谁是敌人?有人对维勒手中的机密文件感兴趣,有人却对离开深海恢复自由更感兴趣。维勒必须寻找队友,携手逃出生天,并自证清白……。