20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。卡兰已经几个月没出门了。他坚持认为远离这个世界的纷扰,自己一个人在家会更快乐。而后有一天,两个女人、一个高个子和一个裹着气泡垫塑料包装的小坏蛋闯入卡兰精心打理的生活和房子,而且事先没有任何通知。随之而来的是一片混乱,这时卡兰意识到,不管他怎么努力,都不可能永远把世界拒之门外。。故事讲述建筑师保罗·寇西从纽约搬到洛杉矶定居,不料一伙暴徒再次闯入家中,抢劫[奸][杀]了女管家,并掳走其爱女[轮][奸]。 保罗忍无可忍之下再次凭自己的力量复仇。而另一方面,纽约的警察亦获知了数年前的仇杀如今又在洛杉矶重现,于是前往制止保罗的复仇行动……。