1995年,反恐特别行动组特维斯中校带队执行一次解救行动,不料却以失败告终……三个月后,军情局顾问戴维接到消息:恐怖组织头目阿布亚法被捕并将被引渡到美国。10天后,一架由雅典飞往华盛顿的747客机被阿布亚法的副手安塔尔劫持,后者要求美国政府释放阿布亚法。戴维受命解决危机,他指出恐怖分子的本意是利用毒气炸弹攻击美国本土,所以坚决不能使飞机入境。同时参会的特维斯提出了大胆的计划:他要率领反恐特别行动组通过空中对接的方式登上被劫持的747客机……。位于东京的东都线地铁开通当日,一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发,导致东都线列车损毁。经过一番推理,江户川柯南等人认定这次的事件与8年前朝仓优一郎主持负责的北之泽水坝的修建有关。
当年为了修建大坝,朝仓动员北之泽村的人民搬入新村,可是仍有许多人反抗到最后阶段不愿搬迁。为了探明事情的真相,柯南、灰原、少年侦探团以及毛利小五郎等人开车前往白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国,少年们尽情玩耍,与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民,山尾、远野、立原等人。他们是从小一起长大的好朋友,而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。
立原的儿子冬马在8年前坠崖,在这8年时间里他一直昏迷不醒。在母亲的照料下冬马终于醒了过来,但却丧失了记忆,不知道当时在自己身上发生了什么事情。柯南通过推理,认为冬马的坠崖与一系列的案件有关。。Gatchaman是装备有特殊强化服饰的战士的总称,在服装商装备有作为力量之源的「NOTE」,它能将生命体所持有的精神性特异能力实体化。地球的Gatchaman评议会是由被派遣的宇宙人、潜在能力者所共同构成,Gatchaman评议会设立的保护观查处的使命则是保护地球,免遭异星犯罪者们对地球的资源以及生命的掠夺。近年来,评议会正在对正体渐渐清晰的迷之存在「MESS」进行监察,针对其的任务也在进行之中。。