时间是第一次拉达姆之战过后十年,人类已掌握铁加曼系统,并以第一次拉达姆之战中被素体化的人类为基础,着手重建铁加曼系统。而拉达姆不甘心上次的失败,派遣大量舰队驶向地球,在太阳系外围与地球防卫军展开激战。同时,为了对抗新的敌人,宇宙骑士队重组,并着手制造新的铁加曼。第二部中,由美,大卫,娜塔沙作为新的主角登场,而亚纪则成为新的宇宙骑士队队长,我们第一部的英雄D-BOY作为宇宙骑士队的灵魂,为人所知的仅是十年前一战与月球基地同时消失于天际这一残酷的事实。而故事即由此展开。。宝可梦是一种不可思议的生物,它们与我们共同生活在同一个星球上。宝可梦的生活习性各不相同,既有与人类共同生活的宝可梦,也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区的皮丘原本形单影只,自从它遇见了袋兽母子,便与他们一起共同生活,并最终进化成了皮卡丘。
几年后,生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到了大木博士的邀请,一同去参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。典礼上,小智追逐着幻之宝可梦洛奇亚。并在此的过程中,遇到了小豪相遇。小智的目标是与最强王者丹帝对战,小豪的梦想则是收服所有宝可梦。二人以樱木研究所特别调查员的身份出发,在不同地区展开调查,邂逅了各种各样不可思议的宝可梦,还在旅途中收服了新的搭档。。