第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。美丽女孩董小禾即将和未婚夫张烁步入婚礼殿堂,在婚礼彩排当天,张烁突然下落不明,随后小禾收到一段视频,视频中张烁被人五花大绑,一个劲儿地对着镜头求救。身穿婚纱泪流满面的小禾深夜驾驶车汽车,飞奔来到一处车行。车行里有她和张烁相识十多年的好友达子,一年前因为某起事件造成了两个男人间的隔阂。达子虽然表现得漠不关心,可是耐不住这个对他来说最重要的女人的请求,于是两人一同踏上解救张烁的征途。
一路上,绑匪不断变换交纳赎金的地址,甚至将地点定在了三个人曾留下过美好回忆的电影院。这一切都让事态变得复杂起来……。