继续延续上一季的剧情,原来穆德受了骗,及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层,以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩,一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除,但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔,客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映,加入了一些角色及内容,“辛迪加”组织的阴谋越来越明显,穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。好幻想的科学家Janos Rukh说服另一群科学家和赞助者去非洲进行探险,目的是寻找和研究一颗远古的陨石,该陨石具有非同寻常的价值。Janos暴露在陨石的有毒辐射中,幸得医生Benet发明的解毒剂把救回来,但是他与其他人的接触可令到他们马上死亡。回到伦敦后,医生Be net利用陨石的可控制射线,来恢复盲人的视力。解毒剂的毒性激起了Janos Rukh教授的偏执式暴怒,他对探险队的成员进行报复,并指责他们,为个人荣誉而偷走了他的发现。有“中国迪拜”之称的风琴岛来了一只名叫花少的警犬,调皮的它在岛上闯了不少祸,受到留岛查看的处分。刚毕业的训犬员梁粤深谙花少的优秀天赋和素质,被临时抽调到岛上协助带犬。在同事何木棉的帮助下,梁粤成功让花少改掉了自身毛病,不仅在治安防范、社区调解中起到不可替代的作用,还在各种案件的破获中大显身手,成为社区明星。梁粤在一次行动中被吸毒者的针头扎伤,在这场艾滋疑云风波中,花少对他不离不弃。花少因公受伤,嗅觉受损,梁粤全力以赴,成功使它恢复嗅觉,回到警队。一人一犬在平凡又神圣的岗位上为保一方平安默默努力着······。