主要讲述了来自M78星云的赛文奥特曼协助奥特警备队一起对抗宇宙侵略者守护地球的故事。。人类对纳米机器人的研究进入到了最后时刻,就在这关键期,科学家发现一旦纳米虫进入复制阶段,人类将无法控制。但是一个掌握了核心技术的权威被富商收买私下研究,一直没有攻克一些软件技术上的难题。正在此时,张昊,一个研究纳米虫的天才出现了,成为权威张博翰的助理。可是这个助理并不老实,偷窥实验室的一些不准他涉足的地方。最后真相暴露,张昊是另外一家公司的商业间谍,专门来窃取张博翰的核心技术的。此时揭露出了一个惊天真相,张博翰用已经怀有身孕却已故的妻子实验了纳米虫技术,生下了一个完全纳米虫体质的女儿......。最后的战争爆发了,所有的人都死了,但机器继续忠实地服从命令。自动化机械基地开始给最后幸存的轰炸机加油并为其武器充能,准备用它来向毫无生机的敌方城市投下炸弹。直到人类最后的回声完全平息之前轰炸一直持续着。随后迎来了没有人类容身之地的新纪元。。