改邪归正的黑鹰和董婷,结婚后有一子,无奈飞车党不干体,以杀害董婷和孩子威迫他归队,于是黑鹰重返飞车党又过着消沉的生活。当了歌手的骆驼和方容日渐疏离,两人终至分手。有轻生念头的方容巧遇阿涂,而大小了轻生的念头,讲意气的骆驼,知道黑鹰重返飞车党前去营救,未料竟被飞车党幕后老大孔雀控制,成为搏击场的打手。婉茹获此事后,紧急通知远在海外的浩子,浩子立即赶回,救出黑鹰的孩子,但骆驼却为掩护浩子而受伤。黑鹰忍无可忍之下,挟持孔雀救出所有的人,但骆驼也在送医不及的情况下死在方容的怀里。浩子因失去同甘共苦的好友...。该剧讲述了幼儿艺术团的小学员牛牛、依依、兵兵、小石头、钱多多、白雪、玫瑰等一群家庭背景、性格脾性截然不同的孩子在报名、选拔、训练、演出过程中与家长、老师之间发生的故事,以及所反映的包括学龄前儿童的明星梦、责任感、虚荣心、攀比心、选举权、爱护环境、幼儿素质教育、家长与孩子沟通障碍等在内的各种社会问题。。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。