1945年8月9日,美国向日本投下原子弹。就读医科大的青年浩二(二宫和也 饰)在毫无征兆的情况下死于非命。转眼三年过去,浩二的母亲福原伸子(吉永小百合 饰)似乎渐渐承认了儿子已不在人间的事实,她的丈夫、两个儿子皆已逝去,孤身一人在信仰的支撑下走过艰苦岁月。在某个夜晚,浩二突然在母亲身边现身。伸子喜出望外,和儿子热烈交谈。浩二不改善谈的个性,与妈妈有说有笑,当然他盘桓人间还有一个理由,那就是记挂情投意合的未婚妻佐多町子(黑木华 饰)。町子而今在某个小学担任教员,她念念不忘浩二,为此耽搁了自己的婚事。
死去的人,和活着的人,他们之间的羁绊依然紧密……。永久、刹那、诸叶,是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女。年幼时期被卷入森林大火而分离的双胞胎少女,永久与刹那。永久通过了能穿越时代树时空的隧道,从战国时代来到了现代。她被阿篱所在的日暮家养育长大,成长为了一名精通武道的女初中生。与此同时,留在战国时代的妹妹刹那,在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是阿篱与犬夜叉的女儿,身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”的绰号,每天也同样在做着除妖的工作。自从永久与刹那两人分开之后已过去10年,穿越时代树时空的隧道再度开启。永久与出现在现代的刹那重逢,但不知为何,刹那已经忘记了永久。包括与刹那一同来到现代的诸叶在内,永久这些“半妖的夜叉”,开始在现代和战国时代掀起波澜!。