在阻止了1963年的世界末日之后,伞学院回到了现在,确信他们阻止了最初的世界末日,并彻底修复了这条遗忘的时间线。然而在短暂的庆祝之后,他们意识到自己(彻底)失算了。聪明、时尚而冰冷的麻雀学院和伞学院在一场激烈的对峙中发生冲突,然而这远非伞学院最大的麻烦。伞学院将直面挑战、损失和惊喜,并着手处理一个在宇宙中大搞破坏的不明实体(而这可能是他们自己一手造成的)。现在他们需要做的就是说服爸爸的新(也可能更优秀的)家庭,来帮助纠正因他们的到来所导致的错误。他们能否找到回到世界末日前的方法?或者这个新世界不只是时间线上的一个小错误,大难即将临头?。近未来,当年繁华喧嚣的东京因核电站事件变成了死城,被成为世界第一大幽灵城市。然而即便在这座死寂的废墟中,仍有幸村者盘桓于此。20XX年,三名没有配备任何防辐射装备的少女出现在旧东京。她们名叫成濑荆(户松遥 配音)、深作葵(花泽香菜 配音)、野村妙子(明坂聪美 配音),是通过遗传基因改造生下来天生具有抗辐射能力的少女,统称“COPPELION”。在防卫大学附属特别工科学校教官三岛鬼兵陆佐(小山力也 配音)的指挥下,少女们四处搜索幸存者,前所未有的经历以及感受接踵而至,少女们的心中作何感想……
本片根据井上智德的漫画原作改编,COPPELION少女们的姓氏均来自日本著名导演,普通人姓氏则来自日本的文豪作家。。