入院患者だったひきこもりの青年・古守にとって、唯一優しい笑顔を向けてくれたのが看護師の陽菜だった。陽菜の姿を追い続けていた古守だったが、ある日、病院内でZ化が蔓延し陽菜も犠牲になってしまう。Z化した陽菜を監禁し、妄信的な愛と犠牲を捧げる古守だったが、残された写真から生前の陽菜が院内の医師と不倫関係だったと思い至ってしまう。ショックから古守は自らの手で陽菜を…。。人と共に八百万の神々が生きる神話の世界「天和国(アマワクニ)」。そこで劍神(ハヤガミ)を操る十二神鞘が起こした革命に巻き込まれたアラタは、秘女王殺しの罪を着せられ、逃げこんだ森で異世界(現代)へと飲み込まれる… 一方、現代の高校生・日ノ原革は友達に裏切られ、絶望の中、異世界へと迷い込む。そこで革は“アラタ”としての運命を譲り受け、劍神「創世(ツクヨ)」の後継者となる。 秘女王が絶命寸前となったために劍神の封印が解けた今、劍神の持ち主である鞘たちは、自らが大王(オオキミ)となるために闘いを繰り広げる。さらには十二神鞘の中でも謎とされる「六ノ鞘」が、秘女王の復活を阻止しようと動き出す。そんな中、鞘たちの闘いに巻き込まれて命を落とす人々を救うため、そして秘女王を救うため、革は「日輪ノ大王」となることを決意。「創世」の力で全ての劍神を束ね、闘いを終わらせる...。