一天上午,有人坠楼摔死在一辆货车上。负责调查的警探博登来到现场后发现第一现场并不在货车停靠的位置,而是在不远处的一栋大厦。与此同时,这栋大厦的一处电梯突然故障,悬停在20层附近,电梯中的三男两女被困。大厦保安派去的维修人员也未能解决故障。封闭的电梯里,五人因持续被困而情绪焦躁并争执起来。就在此时,电梯内的灯突然熄灭了十几秒钟,短暂的黑暗过后,其中一名女郎的背部受伤流血不止。保安决定报警。
博登接到大厦保安报案之后赶赴监控室,正欲调动警力解救被困人员之时,电梯内的灯再次熄灭。灯亮之后,人们发现其中一名男子已被杀害,而凶手似乎只有可能是剩下的四人之一……。阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场精彩的足球比赛,江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势,像是在挑衅毛利小五郎一般,路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个,那就是解读犯人留下的神秘暗号!
经过一番努力,毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语,成功拯救了无数人的生命。在此之后,警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人,嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人,他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时,躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击,前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来!。