在纳粹追捕和杀害残障人士的过程中,一名肢体残疾的男孩在逃命时做出了一个大胆的决定。鲤之助已经离去很久了,自由也渐渐忘却了以前刺激的经历,但短暂的和平气氛随着一个矮小身躯的神秘人出现在自由家而宣告结束。 此人正是鲤之助的孩子鲇之助,拿着心型眼带,为了未来的战斗再次追随着父亲的足迹。 而曾经的对手,现在是自由朋友的御影也因担心自由的安危来到她的身边保护她。 自由的学校中,新转来一个日俄混血的女孩:菲利莎。谁也没想到这个可爱活泼的女孩竟然是柳生十兵卫的亲女儿。 她为了夺回第二代十兵卫的头衔与心型眼带,接近自由。表面上与自由亲热无比,暗底下却包藏祸心。 正当自由身边危机迸发之际,柳生同门的另一宿敌:柳生喜多烈斋的后人又来捣乱。 自由将如何决定自己的未来呢?。由于第二代罗宾(Jason)的死,使的布鲁斯伟恩从英雄工作中退休,蝙蝠侠自高谭市消失十余年。 然而一连串的治安恶化:变种人(the Mutant)青少年武装团体出现、双面人(Tow face)哈维丹特(Harvey Dent)和小丑(Joker)的逃狱,使的他压抑不住内心想要再度化身为蝙蝠侠的渴望而以五十多岁的高龄重出江湖,与新任的罗宾──13岁少女卡莉(Carrie Kelley),和老搭档高登(James Gorden)面对种种坏人的诡计及市民的质疑与不信任。 而同时,美国也正遭受苏联的核武威胁,超人克拉克肯特属于与蝙蝠侠对立的、听从官方命令的一员,也因此蝙蝠侠必须面对同是超级英雄的伙伴的敌对状况,以衰老而坚定的心智面对这个几乎永远不败的上帝之子。
在故事的结尾,变种人青少年集团因为首领被打败而转向支持蝙蝠侠,双面人哈维丹特也被打败,小丑则在游乐场中被蝙蝠侠重伤脊椎而亡。 因为立场的对立,超人不得不与蝙蝠侠展开大战,而故事则是以蝙蝠侠服用可使人进入假死状态的药物掩人耳目,伟恩的住宅、蝙蝠洞里所有与蝙蝠侠有关的资料都让阿福(Alfred)烧毁,而唯独银行中的存款被布鲁斯提领一空,他教育前变种人集团的青少年们组成了义务警备队继续维护高谭市的和平。而阿福则在烧毁伟恩住宅后中风去世。。