到这季开始时,X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激,但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格,但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中,“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症,住院治疗,病情虽稳定住,但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代,向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望,因而举枪自杀。。布鲁塞尔奥斯陆马德拉群岛蔚蓝海岸。科学家们有一个可怕的发现,“大风暴”将在两天后来临,随着它的到来,加州将沉入海洋。他们唯一的希望就是让火山喷发,从而转移地震的能量,在地表上形成新的地壳。但随着前震,加州一片混乱,这是一场与时间的赛跑,科学家们可能赢不了。。