由于鬼娃娃恰奇的入侵,妮卡·皮尔斯(菲奥娜·道里夫 Fiona Dourif 饰)被看作令外甥女爱丽丝变成孤儿的始作俑者,而她本人也被诊断患有精神疾病给关了起来。经过一段时间治疗,她获准转到某监护级别稍低的设施内居住。然而她的平静时光并未持续多久,外甥女的监护人瓦伦丁夫人(詹妮弗·提莉 Jennifer Tilly 饰)意外造访,不仅带来了爱丽丝已死的噩耗,还把鬼娃娃恰奇送到妮卡的身边。电闪雷鸣之夜,伤心欲绝的妮卡割腕自杀。可是当她次日醒来,却发现手臂的伤口已被缝合,地板上的血迹中写下了“NOT SO FAST”的话。 被邪恶充满的恰奇,绝不允许猎物那么轻易就死去……。谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……。杰伊和贝丝是一对夫妇,在贝丝的癌症缓解一年后,他们进行了一次庆祝性的露营旅行,但却发现自己被困在一个狂野的疯子和一个偷皮肤的怪物之间。。