故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕,这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山,货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创,整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救,但船长与一名船员还是不幸罹难。
而在15年后的东京大都会,大财团的著名设计师在驾车时,突然心脏病发作。连人带车冲向山谷,车子在坠落山谷后起火燃烧,设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。
幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、毛利兰、毛利小五郎等人参加了这艘邮轮的首次航行仪式,他们将一步步揭开幕后黑手的阴谋,让真相水落石出。。和初恋情人分手的少年害怕逐渐忘记分手女友的自己, 少年只对想象中的‘幽灵海蜇’说出真实的内心。 有一天少年在海边偶然遇到一个少女,回想起一件事情。 少年告诉少女在大海深处有一个可以游进别人梦境的小门, 少女越来越喜欢上这个有点怪异的少年。 正当他们逐渐了解对方的时候, 有一天少年突然失踪,不安的少女开始寻找他…。。