谢安真,离婚四年,单身四年,身兼职业OL与家庭主妇两种身分的她,将生活中的一切都打理得井然有序。女儿眼中的好妈妈、同事眼中的好上司、朋友眼中的好姐妹,但,她又会是谁的“好情人”呢?虽然对爱情仍然有些渴望,安真总用自己的生活很充实、很满足、很幸福来当借口,因此,她与天蔚还是一直维持着“好朋友”的关系。但,连安真自己也没发现,她只是没有勇气,没有勇气再次投入一段“甜蜜却随时可能破碎的爱情”。在安真苦恼于是否该接受天蔚的感情时,前夫瑞凡却在此时出现,再次对她展开追求。在“亲情”与“爱情”、“安心”与“开心”、“习惯”与“改变”之间,安真是否能够把握当下的幸福,勇敢走向能让她发自内心微笑的那个人呢?幸福,真有那么困难吗?。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。疫情期间,被独自隔离在家的阿坤百无聊赖,渴望自由,身边的一切生命都像是消失了。一天,他像是在模拟影院的观影场景,打开家中的投影仪,在客厅里整齐地摆放上一群娃娃,与自己一同观看电影《四百击》。一阵风拂过窗帘,阿坤渐渐睡着了。此时,银幕中出现了阿坤的模样。他正行走在人潮涌动的街道和校园里,看着操场上弹吉他、撸猫和放风筝的学生们。风继续吹。阿坤与娃娃已不见踪影,银幕中的景象却出现在阿坤的客厅。而银幕里,阿坤正站在河畔,静静地望着我们。。