「光明之心」的故事始于某一天,一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现,其后更发现她的记忆和感情均已失去,而通过与岛上居民进行心灵交流,辉夜也一点点地取回了感情。与此同时,本身和平的温达利亚岛却引来了大量的海贼,原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和感情,同时也为了再次恢复温达利亚的和平,同样因为某种原因漂流到了温达利亚,并在岛上的魔法面包屋工作和生活着的里克,决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅。。阿玛伊娅的学校传播着她继承了祖母的魔力的谣言,这让她在新家乡的生活变得有趣起来。。公元前260年,秦伐赵,爆发了历史上著名的“长平之战”。结果赵国被灭,赵国的流民在荆爷爷的带领下逃出赵国,在“快活谷”中隐居起来,过起了世外桃源的生活。
时光荏苒,几年后荆爷爷在一次与山贼的对抗中死去。庆及好友樊于期都长成了翩翩的少年,他们都心爱的女孩小沪也变成了亭亭玉立的少女。身为秦人的樊于期回到了秦国成为白起将军手下的一名得力战将。荆轲与小沪逃亡齐国,小沪不堪忍受颠沛流离、食不果腹的流亡生活,离开荆轲沦落青楼后嫁给当地富贾贾满贯,被小沪抛弃的荆轲伤心不已。受尽贯摧残的小沪和贯的贴身护卫聂无涯合谋杀害贾满贯遂嫁祸于荆轲身上。绝望的荆轲被田光救出加入了“天灭”组织,从此走上了刺客的生涯。
樊于期虽然屡立战功得到秦王的赏识,但他心中依旧心系和他一起长大的伙伴。秦王将自己的公主许给樊于期也没能减弱期对小沪的思念。秦王对期的赏识招徕丞相吕不韦的不满,一场宫廷斗争也随即愈演愈烈。
荆轲从师于“天下第一剑”——盖聂,成为一名身手不凡的刺客。在一次执行任务中荆轲杀死深爱自己的女孩采儿,伤心欲绝的荆轲也在此时遇见了他一生的重要知己高渐离。荆轲感觉刺客的生涯离自己理想的生活越来越远,当他遇见圣女云兮的时候这种感觉越发强烈,终于云兮的死唤醒了荆轲,使他决定不再做刺客,去寻求那种没有杀戮的世界。
燕子丹被燕王喜作为人质送到了秦国,私自放走燕子丹的樊于期被秦王囚禁起来。一直深爱着樊于期的蒙嫣以死救出期,樊于期悲痛欲绝,在燕子丹和田光的恳求下,樊于期决定留下率领燕军与前来伐燕的秦军决一死战。
由于燕王的委曲求全、燕臣翼的泄漏军机,使得燕军被秦军大败。燕子丹不甘心亡国决定孤注一掷——刺杀秦王,这个任务非荆轲莫属……。