青天衙门Ⅱ由《将军之爱》、《望子成龙》、《审妻记》、《花轿奇谋》四个部分组成。在一旱雷闷响的夜晚,顺天府街外一名泪水纵横的书童,手持鼓棒正呜鼓喊冤。身任顺天府尹的谭振英听闻。立率人出门,并连夜审问其因。方庆被提到公堂上,泣诉了少爷方之栋与余清莲,本为一对青梅竹马的恋人,但因迫于无奈,清莲流落风尘沦为卖艺之女。方之栋为给清莲赎身,在街头卖字画攒钱。皇天不负有心人,之栋不仅送金杈给清莲作为定情之物,且将辛苦攒下的五百两银子送至暖香居嬷嬷手中,为其赎身。本应是有情人终成眷属,以喜为终,但天却不遂人愿,就在之栋与青莲新婚之日,对清莲早已垂诞的富察家之后,富察家康带人闯入家中,捣毁礼堂,将上前理论的书童方庆打昏,并痛打上前阻拦斥责的方之栋,而后侵害了余清莲,扬长而去。清莲因被辱,含怨割腕自尽。之栋见其清莲血流满地,悲痛之极跟随清莲而去。方家二老欲告富察家康,但因县令怕得罪九门提督,不但不予受理,还屈打方家二老,二老因控诉无门,为防止顺天府尹与县令官官相护,包庇富察家康,两人决意以死相谏,来明诉冤情……。为自然风光所环抱的鬼切村,正经历一场惊心动魄的变革。当地大企业社长堀部伍平在野外遭到黑熊的袭击身亡,其身为副社长的外甥大吉(千叶哲也 饰)随即扶正,并力主将对很多人都至为重要的后山卖给他人。大吉的弟弟音弥(藤原龙也 饰)虽身为专务,但调皮顽劣,无心商界,加上性格的不同,因此与大吉一向不和。包括音弥和当地民俗资料馆馆长天马恭介(石坂浩二 饰)在内的许多人都反对这一决定,但大吉刚愎自用,拒不退让。此举令音弥极度不满,因此精心策划了一起完美谋杀案,并且具有强有力的不在场证明。古畑任三郎(田村正和 饰)、今泉慎太郎(西村雅彦 饰)与西园寺这一全新组合登场,迎战音弥送上的超完美谋杀案……
本片为新春完结篇第一部。。