突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。个性活泼开朗的梅根(娜塔莎·雷昂 Natasha Lyonne 饰)是校园拉拉队的队长,亦是男生们仰慕追求的对象。然而,在误打误撞之中,梅根竟然被父母误会是同性恋,而被送往了“治疗”同性恋的同情恋矫正学校之中,在这里就读的,都是被认为有同性恋倾向的年轻男女们。 因为相同的境遇和性取向,大家很快就成为了无话不谈的好友,在这里,梅根结识了名为格拉汉姆(克丽·杜瓦尔 Clea DuVall 饰)的女孩,刚开始,两个个性迥异的女孩将对方视为眼中钉肉中刺,常常爆发激烈的争吵,但随着时间的推移,两颗年轻火热的心开始渐渐靠近。知道有一天,梅根因为犯了错误而被强制退学,她才发现,自己早已经深深爱上了格拉汉姆。。