故事发生在2029年,此时X战警早已解散。作为少数幸存的变种人之一,金刚狼罗根与卡利班共同照料着年迈的X教授(查尔斯·泽维尔)。由于衰老,X教授失去了对自己超能力的控制,如果不用药物抑制,他的力量会失控,造成全球性的灾难。同时,随着时间推移,金刚狼的自愈能力也在减弱,体能和力量远不如从前。
一天,一位陌生女子找到了金刚狼,请求他护送一名叫劳拉的女孩前往加拿大边境的“伊甸园”。罗根后来发现,劳拉是通过植入自己的基因培养出来的人造变种人。而在所谓的“伊甸园”,有一群与劳拉有着相似遭遇的孩子。邪恶的唐纳德紧追不舍,他的目标就是彻底消灭这些人造变种人。。一年前,私家侦探鸣海庄吉和他的弟子左翔太郎从神秘组织中解救出了一位少年。在逃亡过程中,庄吉中枪倒下了,剩下的两人走投无路……2009年秋天,在每个角落都有风车转动的城市——风都,翔太郎继承庄吉的衣钵经营着侦探事务所。庄吉的女儿鸣海亚树子来到翔太郎和一年前得救的少年菲利普面前,让他们马上离开。在与翔太郎纠缠的时候,亚树子得知了风都有怪人“掺杂体”作乱,而她也渐渐地被牵扯进了守卫风都的战斗中……。被封印五十年的青楼花魁恶鬼白禾,与为弟祈福的乔家长女阿怜成友。阿怜遭弟乔睿杰陷害惨死,以血约换白禾自由,白禾顶替其身份返乔家。她识破乔睿杰将姐妹作垫脚石的阴谋,联合藏有秘密、表面对立的二妹乔盼儿反杀,在权谋与情义中追真相,终让恶者血债血偿。。