20世纪60年代的一个冬天。秘密回国参加我新型潜艇研究制造的华裔专家,在途经香港时遭到台湾特务的追杀,险些丧命。 北京的反间谍局立即分析情况,作出我内部存在台湾间谍的判断,并迅速展开调查。本以等待退休的许子风和年轻的反间谍局人员骆战,以及原在香港的外派人员蓝美琴组成三人小组,接受了此项任务。。《最后的99天》取材于真实的历史事件,讲述了解放前夕,在距新政协预定的会期还有99天之际,上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议,一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间,展开殊死搏斗的故事。。