《秋潮向晚天》虽然被称为《橘子红了》的姊妹篇,但其剧情已与《橘子红了》毫无干系。故事描述了清贫出身的庄自立力排重阻娶富家女纯美为妻,并育有一对活泼可爱的双胞胎女儿。为了不让妻女受苦,庄自立勉强接受岳父安排去其集团工作,却因不谙商界中的尔虞我诈,在一次重大交易中令集团蒙受巨大损失,在岳父的质疑和自责的双重打击下精神恍惚,恰逢一场蹊跷大火,令岳父认为庄要与妻女同归于尽,更加深了其拆散他们的决心。自立被以纵火罪和精神错乱之名判入精神病院强治两年。在无尽的愧疚和自责煎熬下,他想重获照顾与爱护她们的机会。但种种的误会与阻力给重圆之路设下无数障碍……。分子生物学导师范健教授和学生杨小光始终致力于基因变异方面的研究,学渣屌丝杨小光无意中偷窥到范健教授误用基因变异药水致死。并发现了教授创世纪的发明——基因变异病毒,却也因此感染了基因变异病毒,生命垂危。不曾想杨小光却因此涅槃重生般彻底改变了自己的染色体序列,DNA重新定义,获得了远超于常人的超能力,就在杨晓光踌躇满志之时,一个黑影却要致其于死地......。