1971年时,邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验,将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐,于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后,将其流放至宇宙,龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界,发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控,为了拯救世界,他使用回旋加速驱动器来到了2021年,打算与自己的儿子秀夫合作,对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲,局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士,纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化,原谅了父亲龙之介,父子俩成功变身为假面骑士世纪。各位骑士穿梭于未来与现在,为了守护世界而战,迪亚波罗最终被消灭,龙之介与秀夫间也不再有隔阂。。派系制度瓦解了,老四的母亲伊芙琳成为了墙内世界的统治者,她利用强悍而又严格的武装力量控制墙内居民,不允许他们越雷池一步。可偏偏翠丝和老四不信这个邪,他们坚信,未来和希望是属于墙外世界的。
于是,两人带领着克里斯蒂娜、皮特和托里等人突出重围,终于来到了高墙的那一边。在那一边,基因局收留了翠丝一行人,表面看来基因局扮演的俨然是正义的一方,但实际上,其负责人大卫怀揣着极大的野心,隐藏了一个惊人的秘密。。