在未知生命体全部被消灭后的两年,人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹,打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件,这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量,就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一,暂住在美杉教授家中,与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的,其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时,他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年,它们之间有着什么样的联系呢?一切的真相又是什么?。一個猶太黑幫家庭經營一個賣淫集團,並以收保護費形式為賣淫者提供「保護」,他們還經營賭場,卻一直未受到警方的干預,而且與他們的阿拉伯黑幫對手也相安無事。直至有日, 一名年輕的黑幫成員決定要讓這兩個黑幫勢力互相殘殺。猶太黑幫的人都會遵守猶太教的習俗和節日,他們非常重視家庭傳統,但這一切卻與那位正在調查黑幫的警長完全相反。這位警長沒有家人,只一心一意要滅掉這些黑幫份子。。