上回的主角“海龟”森美和朋友阿威(杜汶泽配音)已升级做爷爷,凑住两个乖孙:里奇同恩娜出海。谁不知未出海就被人类捉住上船,并遇上有精神分裂的“龙虾”劳苏(郑丹瑞配音)和扮死高手“怪鱼”尖波(卢海鹏配音),原来他们正要被送往全球最庞大最奢华的高科技人造水世界做展品,森美和阿威更在途中同两个乖孙失散!
被困在海底监仓的森美和阿威,认识到各种外型趣怪性格可爱的海洋朋友,有“烂gag小丑鱼”杜斯、“扁头鲨鱼”...。杰克(科尔•豪瑟 Cole Hauser 饰)与泰勒(艾迪•斯比安 Eddie Cibrian 饰)两兄弟是两个酷爱探险的洞窟专家,在生物专家尼古拉(Marcel Iures 饰)和詹妮丝博士(Lena Headey 饰)的邀请下,他们携经验丰富的团队来到罗马尼亚卡尔巴阡山脉,准备对偶然在这里发现的巨大洞穴以及其中的古教堂进行勘查。 探险队员布里格斯(Rick Ravanello 饰)最先入水勘测,但通讯后不久便和队友失去联系。为了安全起见,杰克与泰勒决定全体出发寻找。沿途他们见到各种前所未见的古怪生物,原来在这座封闭的山洞里,竟有着一个完全独立的古生物系统。但是这些发现并未给他们带来太多惊喜,这群探险者已被困在山洞里,而来自未知生物的威胁正渐渐逼向他们……。