故事发生在1943年的柏林,纳粹对犹太人的屠杀已经接近了尾声。最后一批生活在德国的犹太人被赶上了开往集中营的火车,拥挤狭窄的车厢中没有任何食物,这最后的六百多名犹太人,他们的结局似乎只有两个——死在火车上,或是死在集中营里。
亨瑞(哥德昂·布克哈德 Gedeon Burkhard 饰)和他的太太露丝(西贝尔·凯基莉 Sibel Kekilli 饰)以及他们的两个孩子也在其中,巨大的压力和痛苦之中,露丝亲手杀死了自己的孩子。珠宝修理员艾伯特(Roman Roth 饰)和老板的女儿相恋已久,他们决定只要能够活着走下火车,就举行结婚仪式。时间一分一秒的前进着,火车离最后的死亡终点站越来越近。。新学期开始,升入六年级的小朋友们迎来了一位新老师阿久津真矢(天海祐希饰),第一节课,不苟言笑的真矢老师便发了一通关于社会不公和残酷性的评论,表示今后要在班里实行差别待遇,唯一的衡量标准是每周的考试成绩。
神田和美(志田未来饰)对老师的高压政策十分不以为然,她和捣蛋鬼真锅由介(松川尚王留辉饰)总是和老师唱对台戏,而后果就是被整得死惨。在一次惩罚中,优等生进藤光(福田麻由子饰)为和美求情,却被真矢一起惩罚。不久,光也加入到和美的队伍中,三人一起反抗老师。
真矢冷酷无比的教育方针渐渐引起所有同学的恐慌,他们计划着共同推翻真矢的管制,让她下台……。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。