掌控日本国家未来的御前会议上,众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”,神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后,暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)负责。调查途中两人接到志村美玲(福田沙纪 饰)的求救电话,赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子(栗山千明 饰)不期而遇。当麻将美玲带回未详系,原本已经死去的阳太/一十一(神木隆之介 饰)竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手,当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下,普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中,当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现,黑暗降临的未来是否终将无法避免?。1970年代中期,海滨城市东港。侦察科长钟垒(达式常 饰)接到报案,船厂工程师黄振颐(朱上海 饰)所携军工图纸遭劫。列车上,嫌疑人孟德宝(周嘉陵 饰)被微型炸弹灭囗,从其遗物中发现敌联系线索,知获敌人的行动目标是我海军新型舰艇设计图。此刻,为外国专家伊凡诺夫(于飞 饰)做过翻译的夏芸(朱曼芳 饰)突然精神失常,而在黄振颐藏图纸的办公室门囗又发现了夏芸的鞋印。钟垒感觉到敌人在嫁祸他人,通过侦察发现,退休在家的高文(高博 饰)有很大嫌疑,夏芸也向钟垒道出原委,原来她曾误食了伊凡诺夫在咖啡中洒下的致幻药品,导致精神出现问题。钟垒感觉收网的时及到了......。