第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。25年前,李慧芳和程卫国相亲后闪婚。为了赚钱养家,程卫国在婚后第二天决定出国寻找机会,却不料遇到沉船事故,受伤失忆,独自在国外打拼。直到25年后程卫国才恢复记忆,机缘巧合下聘请了李慧芳。经过种种纠缠后,程卫国发现李慧芳就是他一直寻找的妻子。。莫那鲁道(林庆台 饰)率领族人在公学斩杀异族血祭祖灵后,拥有了通过彩虹桥的资格,剩下来的,就是在英勇战斗后从容赴死。在日本方面,雾社的消息很快传达各处,陆军少将镰田弥彦率军队与警察组成的联合部队,迅速发起讨伐。马赫坡等社分头行动,利用地形优势和灵活战术给予日军先头部队重大杀伤。山地警小岛(安藤政信 饰)利用个人威望和部族矛盾成功劝说铁木瓦力斯(马志翔 饰)连同部落加入日军阵营,协助围攻莫那鲁道。在开战初期,随部落向密林转移的妇孺为了不拖累战士们,纷纷自尽,在矛盾中痛苦的一郎亦选择了切腹。镰田弥彦对部队的缓慢推进大为光火,不惜使用糜烂性炸弹对付赛德克人。满山火光中,莫那鲁道迎来了最后决战的时刻……。