在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。警察克斯蒂带着任务前往戈梅拉岛,打入黑帮学习口哨暗语。然而当他回到警局之后,昔日的同伴却站在了他的对立面。到底是谁被策反?又是谁在泄密?在表象的忠诚与信任下,一切都不是那么简单。尔虞我诈中,竟然还展开来一场浪漫又富有幽默感的爱之博弈,且看有情人能否终成眷属?。