在不远的未来,海平面原因不明地急速上升,导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生,厌倦了都市的生活,移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”,与迷之讨债人凯瑟琳一起,潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。 在那里,他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。她是一位构造精密到与人类别无二致,而又丰富感情的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说到: “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前,我会成为夏生先生的腿!” 在一个逐渐沉入海中的平和小镇,少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。。没考上大学,又被女友甩了的平太因帮助倒在地上的一女贼被连累关入监狱。在牢里认识一个自称是乞丐的神秘年轻人,出狱后两人成为朋友。乞丐告诉平太如何靠乞讨为生。一天夜里,两人来到妓院,遇到一个备受凌辱的少女,平太不忍少女继续过这种悲残的生活,和乞丐决定带少女逃出妓院,把她送回故乡。三人一路四处躲藏,历尽艰难,跋涉到海边,以为终于摆脱了追踪,却不料妓院老板带领打手早已埋伏在岸边悬崖下。平太和乞丐与对方展开了殊死搏斗,此时,躲在一边的少女不顾危险拼死上前劝解。少女哀婉的哭诉声打动了妓院老板,终于放了他们。平太和乞丐护送少女平安的回到了故乡,与母亲团聚。平太二人已过惯了飘泊的生活,谢绝了少女的苦苦捥留,又携手上路,开始了新的冒险漂流生涯。。