本片讲述在1868年航运界传言南海中有海怪破坏船只,各国政府被迫派遣军舰维护航道安全,及调查海怪真伪。不料调查舰被不明怪物撞沉,只有阿洛亚斯教授、助手康索及鱼叉手尼德蓝被鹦鹉螺核子潜艇救起。该船由尼莫舰长指挥,对运载军火船舰均予击沉。尼莫敬重阿洛亚斯之成就,将其视为上宾。潜艇要返回瓦康尼亚基地,中途到深海探索海底世界,此处是该船粮食之主要来源。教授为其科技动力来自海底貂殖的技术惊叹不已,但尼德蓝一心想逃跑,却在荒岛中被食人族逐出。他又查出基地位置,用瓶子装信向外通知。到达瓦康尼岛时,军舰已围住该基地。尼莫破坏基地,引起核子爆炸,尼莫亦中弹命危,临死前将鹦鹉螺号驶入海底坟场加以破坏。。陈三元自小受叔叔陈小生的影响,大学毕业后毫不犹豫地投身警界成为陀枪女警,她性格坚韧、勇敢,一心扑在工作上,在执行任务时总是冲锋在前,努力在警队中证明自己的价值。朱素娥曾以为自己拥有一个人人羡慕的家庭,与丈夫的婚姻幸福美满,不料意外发现丈夫竟有婚外情,素娥伤心欲绝,离婚后为了能更好地生活下去,决定给自己一个新的开始,转当配枪女警,以求升职。两人被分在同一小队后,从最初的观念冲突到逐渐磨合,成为一对默契搭档。
她们共同处理了多起棘手案件,素娥凭借细腻的观察力和生活经验屡破奇案,三元则用果敢的行动力弥补了经验的不足。同时,素娥与风趣幽默的“师奶杀手”陈小生从欢喜冤家渐生情愫,三元也在与同事程峰的合作中收获了爱情。。