故事发生在第一部的四年之后,此时特警K已经退休,成为一名普通的邮局局长,而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”,占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球,全面负责这件事情的K为了地球的安全,拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜,MIB派J去寻找k,调查当年事件的真相,怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在,成了J面临的第一个难题……。掌控者因战败消失以后,掌控者游戏公司推出了一款新的手机游戏“怪物”,每当有游戏用户登录这款游戏时,现实世界就会诞生出一个新的变异怪物发动攻击。于是,和平再次被打破,各种不明原因的事故接连在恐龙城市里发生。。