半岛大厦天井,警员徐泰被发现时身负重伤,奄奄一息。同时,警方还在现场找到了昏迷不醒的督察凌光。结合近期发生的电钻杀人案,警方怀疑此案为同一凶手所为。凌光苏醒后失忆,导致其无法解释与徐泰相会之事,因此陈安哲等警员指责其为凶手。余总警司让他不要插手此案。凌光深感委屈,身边只剩好友阿鬼力挺。记事簿显示,凌光在案发时均在请假,他询问妻子希爱和养子仔仔希望唤起当时的记忆,无济于事。他的脑中不停闪现血腥场面,精神极度失控,不但冷淡妻儿,而且忽视了刚离婚的妹妹凌敏。收集证据时,凌光赫然发现,几名死者竟然跟自己有着特殊的关系,而且这背后还隐藏着更大的阴谋……。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。