时尚现代的动漫之都东京,是二次元与三次元交汇的地方。因为误打误撞,女主角误入二次元世界,邂逅深情款款的漫画少年。如同少女漫画中的情节一样,两人一同逛集市、约会,度过许多欢乐美好的时光。渐渐地,盖天天开始适应在二次元世界的生活,发现即使是留在二次元里也没什么不好。然而,通往三次元的钥匙却在这个适合失而复得。。故事发生在东京八丈岛近海,一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时,柯南一行人前往八丈岛观鲸,途中柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时,一桩案件突然发生!一名女工程师被黑暗组织绑架,她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中!
此时,水下传来未知潜水艇逼近的声音,令人毛骨悚然,一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……。