电影根据小说《封神演义》改编而来,讲述了元始天尊以天地灵气设下封神大阵,派天生拥有双翅的羽人一族,在遭逢乱世之际,可利用风雷双翅开启封神大阵。殷商末年,商纣王暴虐无道,羽人族长老为救乱世,将窥天石扔入凡尘,并以一招“狸猫换太子”故意在众人面前将风雷双翅注入双生儿辛环体内,为保真正的“将星”雷震子周全。岁月流转,生来便与众不同的雷震子,渴望像自己的兄弟辛环一样成为天选之子,但他却不知道,命运的齿轮早已开启,他将开启封神大阵的第一站…… 而众星捧月般长大的辛环在意外得知自己只是兄弟雷震子的“挡箭牌”后几度无法接受,在面临义父的抛弃,仙长的追杀后,他不得不与暴戾的闻太师为伍,走上了一条成魔的不归路……。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。