故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场,之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年,阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键,安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类,已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是,阿尼莫奈潜入Eureka Seven的内部——。。数年前,人类以超级战舰“轰天号”,在南极击溃“哥吉拉”,并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外,还有许许多多的怪兽,对各大人类都市虎视眈眈。于是,人类成立了“地球防卫部”,专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员,就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。 此外,为了应付怪兽对人类造成的困扰,地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类,这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”,让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性,以应付怪兽的攻击,其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。 就在不久之前,人们挖到一个巨大怪物的遗骸,而且怪物拥有机械跟生物的本质,怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久,尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告,这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”,盖刚的出现代表着人类...。